Демидовский университет запустил образовательный интенсив "Digital Biology"
Главная цель новой программы для студентов – формирование компетенций по использованию цифровых технологий при решении задач биоинформатического анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Составила курс заместитель декана факультета по научной работе Юлия Зайцева.
Участники интенсива расширят свои представления об анализе, интерпретации и визуализации различных биологических данных, научатся эффективному взаимодействию с современными источниками информации, включающими новое поколение биологических информационных ресурсов, и получат полезный опыт для дальнейшего решения практических задач биоинформатического анализа нуклеотидных и аминокислотных последовательностей.
Курс специалисты ЯрГУ составили совместно со старшим научным сотрудником Лаборатории метаболизма экстремофильных прокариот Федерального исследовательского центра биотехнологии РАН Александрой Клюкиной и доцентом кафедры естественнонаучных дисциплин факультета бизнес-коммуникаций и информатики Иркутского государственного университета Иваном Петрушиным.
Модуль программы «Анализ белковых структур», подготовленный Александрой Клюкиной, посвящен основам структурной организации белковых молекул. В практической части модуля будут описаны методы определения и предсказания белковых структур, а также инструменты для работы с 3D-моделями, будет рассмотрен метод in silico сайт-направленного мутагенеза для предсказания вклада различных аминокислотных остатков в функциональные особенности ферментов. Студенты самостоятельно проведут сравнительный анализ аминокислотных последовательностей и построение 3D-моделей белков.
Модуль Ивана Петрушина «Моделирование взаимодействия белков с малыми молекулами. Молекулярный докинг» рассматривает вопросы изучения механизмов взаимодействия белков с малыми молекулами с помощью методов биоинформатики. Для исследования связи белка-мишени и малой молекулы используются различные методы молекулярного моделирования, один из наиболее простых и доступных – метод молекулярного докинга. Он заключается в поиске наиболее энергетически выгодной конформации (пространственной ориентации) с помощью эффективного перебора вариантов. В практической части модуля студенты познакомятся с программой AutoDock Vina и проведут исследование регуляции активности рецептора в бактериальной синтазе целлюлозы.
