В соответствии с Уставом университета, непосредственное управление деятельностью Университета осуществляет ректор. Ректор Университета избирается тайным голосованием на конференции на срок до пяти лет по результатам обсуждения программ претендентов (претендента) на должность ректора или на основе отчета действующего ректора. Ректор несет полную ответственность за работу университета перед Ученым советом Университета, Министерством науки и высшего образования Российской Федерации (Минобрнауки России).

Исполнение части своих полномочий ректор может передавать проректорам и другим руководящим работникам Университета. Своим приказом ректор назначает проректоров. Проректоры принимаются на работу по трудовому договору, срок окончания которого совпадает со сроком окончания полномочий ректора. Распределение обязанностей между проректорами и другими руководящими работниками устанавливается приказами ректора, которые доводятся до сведения всего коллектива Университета. Количество проректоров определяется ректором Университета, исходя из объективной необходимости с целью повышения качественной подготовки специалистов и развития Университета. Статус проректора определяется соответствующими должностными инструкциями, утвержденными ректором.