Родился 10 августа 1943 года в Тверицах (Ярославль). Инвалид с детства (в 1948 году перенес тяжелейшую болезнь – клещевой энцефалит, из-за которого парализовало руки). В 1950 году поступил, а в 1960 году успешно окончил школу №46 города Ярославля, расположенную в Тверицах. В том же году поступил в Ярославский педагогический институт им. К.Д. Ушинского на историко-филологический факультет, окончил его с отличием. Был оставлен ассистентом кафедры философии и поступил в аспирантуру по специальности "Научный атеизм. История и теория религии и свободомыслия" (заочно). В 1969 году был переведен в двухгодичную очную аспирантуру, а в 1970 году в МГПИ им. В.И. Ленина защитил кандидатскую диссертацию («Пути воздействия религиозной идеологии на массовое религиозное сознание»).
После окончания аспирантуры с 1969 по 1971 год работал преподавателем кафедры философии ЯГПИ, а с 1971 года перешел в воссозданный Ярославский государственный университет, где проработал до своей смерти. Преподавал научный атеизм и религиоведение. За годы своей трудовой деятельности в ЯрГУ занимал должности старшего преподавателя, доцента кафедры философии, был деканом вечернего отделения ЯрГУ, а с 1991 года – проректором по социально-экономическим вопросам университета. Автор 80 статей и книг.
В 1997 году после издания учебника “Основные вопросы религиоведения” (для студентов нефилософских специальностей вузов) получил ученое звание профессора.
За время работы в ЯрГУ был отмечен рядом наград. В том числе, значком Минвуза СССР “За отличные успехи в работе” (1981); знаком правления Всесоюзного общества “Знание” “За активную работу” (1987). В 1989 году ему было присвоено звание "Лучший лектор Ярославской области" и его имя было занесено в Книгу почета Идеологического актива Ярославского обкома КПСС. В 1995 году присвоено звание "Почетный работник высшего образования России", а также звание “Почетный преподаватель ЯрГУ”. Указом президента РФ в 1998 году был удостоен почетного звания “Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации”. В 1993-1994 гг. был избран членом-корреспондентом Международной академии психологических наук, членом-корреспондентом Академии естественных наук, почетным академиком Балтийской педагогической академии.
Скончался в 2001 году, похоронен на кладбище в Тверицах (Ярославль).

В.Д. Кукушкин был автором одного из первых в СССР и России учебников по религиоведению.

Кукушкин В.Д. Основные вопросы религиоведения: учеб. пособие для вузов / В.Д. Кукушкин; М-во общ. и проф образования РФ; Яросл. гос. ун-т им. П. Г. Демидова. Ярославль: ЯрГУ, 1997. 195 с.

По инициативе В.Д. Кукушкина в 1994 году был проведен конкурс на разработку эмблемы университета. Так у ЯрГУ появился первый логотип. Им стало изображение Главного корпуса ЯрГУ (ул. Советская, 14) в обрамлении свитков (см. в Прикрепленных файлах).